股权变更要按万分之五税率缴纳印花税，对于股权转让所得，如果股东是自然人，要按20%税率缴纳个人所得税，如是法人股东，要按25%税率缴纳企业所得税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额,为应纳税所得额。