法律分析：公司有股权纠纷能注销。公司想要去公司登记机关办理注销登记的，应当对公司的财产进行清算，只要公司的清算组对公司的财产进行清算，然后制作清算报告，在股东会、股东大会确认后，再报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。因此只有对公司的财产进行清算，在清算结束后，可以去办理注销登记，跟公司是否有股权纠纷无任何关系。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第一百八十 公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。